Alfredo Pérez Rubalcaba nació en Solares (Cantabria) en 1951, hijo de Alfredo Pérez y María Dolores Rubalcaba. Madrileño de adopción, estudió en el Colegio del Pilar y en la Facultad de Químicas de la Universidad Complutense, donde se doctoró en 1978 con premio extraordinario, con una tesis sobre sobre estereoselectividad en reacciones orgánicas. Se casó en 1979 con Pilar Goya, a quien conoció en la Universidad.
Universidad, atletismo y primeros pasos políticos
Muy pronto, compagina tres actividades que serán sus grandes pasiones: la docencia de la Química, la política y la práctica del atletismo. En 1974 inicia su carrera docente como profesor de Química orgánica, y actividad investigadora que completa en las universidades de Constanza (Alemania) y Montpellier (Francia). Con la misma dedicación meticulosa con que desarrolla su labor en la universidad, practica el atletismo en la modalidad de velocidad. Aunque una temprana lesión le impidiera seguir adelante, en 1971 consigue correr los 100 metros en 10,9 segundos, y un año después los 200 metros en 22,4 segundos, marca más que notable para un deportista universitario, y de la que siempre se declaró muy orgulloso. Durante toda su vida mantendría su afición por el deporte, en especial por el atletismo y por el fútbol; su espíritu analítico y racional convivía con una pasión nunca oculta por el Real Madrid.
Consigue correr los 100 metros en 10,9 segundos, una marca más que notable para un deportista universitario
También en 1974 inicia su actividad política, dentro y fuera de la Universidad. En el ámbito académico se convierte muy pronto en un referente del movimiento de los Profesores No Numerarios (PNN), que luchaba por los derechos laborales de este colectivo, abogaba por la autonomía universitaria, y participaba en las demandas de democracia y libertad de toda la sociedad. Ese mismo año se afilia al PSOE, donde participa en las comisiones sectoriales de Enseñanza e Investigación.